Im dritten Teil des Spiels Sonic Advance 3 hilfst du weiterhin dem tapferen Sonic und seinen Freunden, gegen den wahnsinnigen Dr. Evil zu kämpfen. Der Verrückte will eine ganze Stadt bauen, in der er Monster wachsen lässt. Dazu benötigt er die Steine des Chaos. Sonic muss sie zuerst finden. Vor Ihnen auf dem Bildschirm werden Ihr Charakter und sein Begleiter sichtbar sein. Mit den Steuerungstasten steuern Sie die Aktionen beider Helden gleichzeitig. Sie müssen sie dazu bringen, sich an dem Ort zu bewegen und alles sorgfältig zu untersuchen. Suche nach überall verstreuten Steinen und Gegenständen und sammle sie ein. Auf deinem Weg wirst du auf Hindernisse und Fallen stoßen, über die deine Helden springen müssen. Wenn sie auf Monster treffen, können die Charaktere sie umgehen oder sie zerstören, indem sie sich dem Kampf anschließen. Für das Töten von Gegnern erhalten Sie Punkte in Sonic Advance 3.