In dem neuen Spiel Merge TD arbeiten Sie in einem wissenschaftlichen Labor, das versucht, neue Rassen verschiedener Tiere zu züchten. Heute werden Sie mit Katzen experimentieren. Sie sehen ein Spielfeld mit Zellen. Über ihnen erscheint eine Katze, die Sie in eine der Zellen übertragen müssen. Nach einiger Zeit erscheint eine weitere Katze. Wenn es sich um genau dieselbe Rasse handelt, müssen Sie sie auf ein bereits übertragenes Tier legen. So werden Sie sie zusammenführen und eine neue Rasse schaffen.