Der tapfere Ninja Kyoto erhielt vom Chef seines Ordens die Aufgabe, in das bewachte Anwesen eines Aristokraten einzudringen und dort geheime Dokumente zu stehlen. Du im Spiel Endless Ninja wirst ihm helfen, diese Mission zu erfüllen. Dein Charakter wird sich auf der Straße bewegen und allmählich an Geschwindigkeit gewinnen. Auf dem Weg werden verschiedene Arten von Fallen begegnen. Dein Held, der sich ihnen nähert, muss unter deiner Anleitung Sprünge machen. So wird er durch diese gefährlichen Straßenabschnitte durch die Luft fliegen. Manchmal stößt man auf verschiedene Arten von Gegenständen und Münzen, die überall verstreut sind. Sie müssen versuchen, sie alle zu sammeln.