Nicht umsonst hat sich unser Ninja jahrelang durch die Ausbildung in einem Hochgebirgskloster erschöpft. Dank ihnen wurde er der Beste in seinem Geschäft, super schnell und super agil. Und jetzt hängt das Schicksal der Welt, in der er leben will, von seinen Fähigkeiten und Fertigkeiten ab. In einem Kernkraftwerk droht eine Explosion. Es befindet sich weit entfernt von besiedelten Gebieten, aber wenn eine Explosion auftritt, wird es von solcher Stärke sein, dass es niemandem erscheinen wird. Und aus dem Heimatdorf des Helden ist nicht einmal eine Handvoll Asche übrig. Sie müssen in wenigen Minuten zur Station gelangen und den Reaktor ausschalten. Es kann immer noch getan werden, aber außer dem Ninja hat niemand diese Geschwindigkeit. Aber er muss rennen und viele Hindernisse umgehen, und hier kann man nicht ohne Hilfe auskommen, um die Level zu beenden, bevor die Zeit im Spiel Nuclear Ninja abläuft.