Der tapfere Ritter Thomas geht heute in die entlegenen Gebiete des Königreichs, um verschiedene Arten von Dungeons von Monstern zu befreien. Sie im Spiel Hexa Dungeon werden ihm in diesem Abenteuer helfen. Auf dem Bildschirm vor Ihnen erscheint eine Dungeonhalle, in der sich Ihr Held und sein Gegner befinden. Am unteren Rand des Spielfelds befinden sich Symbole in verschiedenen Farben. Jedes Symbol ist für eine bestimmte Aktion des Ritters verantwortlich. Wenn Sie beispielsweise einen mächtigen Angriff auf den Feind ausführen möchten, suchen Sie nach den entsprechenden Farbsymbolen neben. Indem Sie sie mit einer Linie verbinden, zwingen Sie Ihren Helden, den Feind anzugreifen und ihm Schaden zuzufügen.