In Richtung einer kleinen Siedlung in Japan bewegt sich eine Räuberabteilung. Sie töten jedoch die Einheimischen und plündern das Dorf. Ein tapferer Ninja-Krieger stand auf, um die Einheimischen zu beschützen. Im Spiel Phase Ninja hilfst du dem Helden, gegen die Schurken zu kämpfen. Vor Ihnen auf dem Bildschirm wird der Bereich sichtbar sein, in dem sich Ihr Charakter befinden wird. Eine feindliche Einheit bewegt sich in seine Richtung. Mit Hilfe verschiedener Wurfwaffen und einem Bogen mit Pfeilen kannst du Gegner aus der Ferne vernichten. Wenn der Feind näher kommt, ziehst du dein Schwert und begibst dich in einen Nahkampf. Indem Sie mit einem Schwert auf den Feind schlagen, zerstören Sie ihn und erhalten dafür Punkte. Nach dem Tod von Feinden können Sie Trophäen aufheben, die aus ihnen herausfallen.