Der Ninja war gerade von einer Wanderung zurückgekehrt und beschloss, sein Heimatkloster zu besuchen, wo er studierte und seinen Lieblingslehrer besuchte, der ihm eine Menge Wissen vermittelte und ihm beibrachte, seinen Körper und Geist zu kontrollieren. Er traf die Mönche in Verzweiflung und großer Frustration. Am Tag zuvor überfielen die roten Samurai das Kloster und stahlen eine Sammlung antiker Steine mit Runen. Dabei handelt es sich um heilige Steine, die seit Jahrhunderten im Kloster aufbewahrt werden. Unser Held schwor, alles Gestohlene zurückzugeben und machte sich sofort auf den Weg. Helfen Sie dem Helden in Ninja Run, seine heilige Mission zu erfüllen. Der Ninja rennt und Sie helfen ihm, rechtzeitig über Hindernisse und Feinde zu springen und Steine einzusammeln.