Es gibt sogenannte fliegende Fische, die jedoch nicht wie Vögel in die Lüfte fliegen, sondern nur für kurze Zeit aus dem Wasser springen können. Die Heldin des Spiels Flappy Fish ist ein gewöhnlicher Clownfisch, der sich in einer schwierigen Situation befindet. Sie beschloss, ihre Wünsche zu ändern, weil es in ihrem früheren Wohnort viel schlimmer geworden war. Das Wasser ist verstopft, Unterwasserpflanzen entwickeln sich nicht, alles stirbt ab und Nahrung wird immer schwieriger zu finden. Dies zwang die Fische, sich auf die Suche nach einem besseren Leben zu machen. Doch auf dem Weg dorthin gab es schreckliche Hindernisse in Form von Ankern mit Ketten. So etwas hat das arme Ding noch nie gesehen. Sie müssen diesen Weg zwischen scharfen Ankern gehen und den Fischen in Flappy Fish helfen.
