Mit der Dominanz der Roboter sind verschiedene Probleme entstanden. In letzter Zeit waren Roboter verschiedener Art anfällig für einen Virus, der sie in unkontrollierbare Neongeister verwandelte. Der Unterschied zu einem normalen Roboter besteht in einem kaum wahrnehmbaren Leuchten um den Körper des Bots, weshalb der Name „Neon-Geister“ lautet, und natürlich in seinem aggressiven Verhalten. Ein solcher Roboter kann nicht behandelt werden, er muss einfach zerstört werden. Das ist jedoch nicht so einfach, also tauchten spezielle Cyberpunk-Söldner auf und übernahmen den Job. Du kontrollierst einen von ihnen und hilfst dir, Quests zu erfüllen und in Neon Ghost einen Geist nach dem anderen zu vernichten.
