Die roten und blauen Strichmännchen sind im Leben geschworene Feinde, aber zufällig landeten sie in „Stick Bros Leave Prison“ beide in derselben Gefängniszelle. Sie werden nicht zusammensitzen und es ist nicht angebracht, in einer engen Zelle einen Showdown zu arrangieren. Die Gefangenen beschlossen, sich zunächst zu vereinen und zu fliehen, um dann in der Wildnis miteinander fertig zu werden. In der Zwischenzeit müssen Sie gemeinsam handeln, genau wie Sie und Ihr Partner, wenn Sie zusammen spielen. Sie können jedoch auch alleine spielen und die Charaktere einzeln steuern. Um von einem zum anderen zu wechseln, drücken Sie die C-Taste. Überwinde Hindernisse und sammle Schlüssel, um die Tür zu einem neuen Level zu öffnen. Wenn einer der Strichmännchen versagt und das Level nicht abgeschlossen wird, können Sie seinen Weg in Stick Bros Leave Prison erneut beschreiten.
