Eine der kleineren Städte in Südamerika wurde von Massen von Zombies angegriffen. Die Regierung sandte dort besondere Kräfte, um die Monster zu zerstören. Sie im Spiel Special Squad Vs Zombies wird diese Kräfte zu befehlen. Ihre Aufgabe ist es, alle Orte von Monstern zu löschen. Auf dem Bildschirm sehen Sie die Straßen der Stadt und Monster, die sich in Ihre Richtung bewegen. Unten sehen Sie ein Panel mit Ihren Soldaten. Sie klicken auf sie nehmen Sie Ihren Krieg und legen Sie sie auf dem Bildschirm an einem bestimmten Ort. Nach einer Weile kannst du noch einen Soldaten nehmen. Dann musst du auf den Helden klicken, dass er Feuer eröffnen würde. Für das Töten von Monstern erhältst du Gold, für das du Waffen kaufen kannst oder neue Soldaten zum Dienst anziehen kannst.