Eine Kreatur namens Pixelmon lebt in der Minecraft-Welt. Irgendwie ging unser Held in die entlegensten Regionen des Landes, um sich hier niederzulassen und eine kleine Stadt zu bauen. Sie im Spiel Pixelmon Craft werden ihm dabei helfen. Vor Ihnen auf dem Bildschirm sehen Sie Ihren Charakter, der sich an einem bestimmten Ort befindet. Auf der Seite wird eine kleine Karte mit Symbolen angezeigt, die den Standort verschiedener Ressourcen angeben. Dein Held muss all diese Orte besuchen und diese Ressourcen erhalten. Dann beginnen Sie mit einem speziellen Bedienfeld mit dem Bau verschiedener Gebäude für die Bedürfnisse unseres Helden. Sie können auch neue Werkzeuge und Waffen erstellen.