Mario ist von Halloween nicht begeistert, denn normalerweise werden zu dieser Zeit alle bösen Geister in den Weiten des Pilz-Königreichs aktiviert und Bowser lässt all seine Schergen los, um Unordnung zu stiften. In Super Mario Flash Halloween Version hilfst du Mario, alle Bösewichte zu finden und sie zu erledigen, indem du von oben springst. Alle Freunde des Helden und sogar Luigis Bruder verstecken sich zu Hause und strecken nicht die Nase raus, nur der tapfere Klempner hat vor niemandem Angst. Und dafür gibt es einen Grund - Sie, der agile Spieler, kontrollieren den Helden und lassen ihn in Super Mario Flash Halloween Version keinen Fehler machen.