Die berühmte Zeichentrickfigur, der Retter der Menschheit, der zehnjährige Ben Tennyson, hat gegenüber anderen Erdbewohnern den Vorteil, dass er eine spezielle Uhr außerirdischen Ursprungs verwenden kann, die ihn in verschiedene Vertreter anderer Planeten verwandeln kann. Aber im Spiel Ben 10 Run wird es keine Transformationen geben, der Held wird sich auf seine eigene Kraft und Ausdauer verlassen. Er muss durch ein offenes Wüstengebiet laufen und über verschiedene Hindernisse springen. Der Grund für seine Flucht ist das Verschwinden seiner Cousine Gwen. Sie müssen alles schnell erledigen, ohne Zeit zu verschwenden, also müssen Sie dem Helden helfen, über Hindernisse zu springen und Kristalle in Ben 10 Run zu sammeln.
