Der Held des Spiels Murder Case Clue 3D ist ein Junge namens Tom, der Detektivgeschichten liebt. Er hat alle Werke über Sherlock Holmes und Hercule Poirot gelesen und weiß genau, was aus ihm werden wird, wenn er erwachsen ist. Der Typ träumt schon lange davon, ein echtes Verbrechen aufzuklären. Aber wer wird es ihm erlauben, denn er ist noch ein Teenager. Allerdings bringt das Leben gelegentlich Überraschungen mit sich. Als Freunde den Jungen einluden, ein Wochenende mit ihnen in einem Landhaus zu verbringen, hatte er keine Ahnung, wie es ausgehen würde. Als der Held an der angegebenen Adresse ankam und das gewünschte Haus fand, fand er es leer vor. Alle Freunde machten sich auf den Weg, um bei der Polizei auszusagen, weil in dem Haus ein Mord geschehen war. Obwohl niemand da war, beschloss der Junge, den Vorfall zu untersuchen. Niemand wird ihn davon abhalten, nach Beweisen zu suchen, und Sie werden in Murder Case Clue 3D dabei helfen, schnell die Wahrheit herauszufinden.