In ferner Zukunft begann die Menschheit, die Weiten des Weltraums zu pflügen und neue Planeten zu erforschen. Sie bildeten Kolonien, in denen Menschen lebten. Mit einer dieser Basen verlor die Verbindung dich auch im Spiel Deadly Space Stories A. I. Gone Bad wurde zu ihr geschickt, um zu klären, was dort passiert ist. Nach der Landung werden Sie in die Basis eindringen und Ihre Suche starten. Wie sich herausstellte, wurde die Siedlung von unbekannten Mutanten erobert und jetzt müssen Sie aussteigen und Ihr Kommando darüber von Ihrem Schiff informieren. Alle diese Mutanten werden dich ständig angreifen und du wirst sie mit deinen Waffen abstoßen und zerstören müssen. Sammle auf der Straße Waffen und Munition. Diese Gegenstände werden dir helfen zu überleben.
