Der Ninja-Junge will seinem Lehrer beweisen, dass er für ernsthafte Herausforderungen bereit ist und ihm verantwortungsvolle Aufgaben anvertraut werden können. Im Spiel Ninja Boy Flying ging er heimlich in ein gefährliches Gebiet, das von Räubern und allen möglichen kriminellen Elementen bewohnt wurde. Der Held beabsichtigt, es mit Geschwindigkeit zu führen, und wo es notwendig ist, breite Hindernisse zu überwinden, verwendet er einen Gleitflug. Feinde rennen auf dich zu und du kannst entweder über sie springen oder sie mit einem geschickten Wurf eines Shurikens - eines Stahlsterns mit scharfen Kanten - eliminieren. In Ninja Boy Flying musst du schnell auf Hindernisse reagieren und noch schneller entscheiden, wie du sie überwinden kannst.