In letzter Zeit ist es für die Biene in Bee vs fliegende Untertassen immer schwieriger geworden, Blütenlichtungen zu finden, um Nektar zu sammeln. Man muss weit fliegen, an Orte, die nicht so sicher sind. Auf der Flugbahn der Biene tauchen verschiedene Hindernisse auf, darunter auch ungewöhnliche – fliegende Untertassen. Die Biene lässt sich von nichts mehr überraschen, die Welt steht auf dem Kopf und man kann mit allem rechnen. Die Heldin konzentriert sich auf das Sammeln von Blumen und Sie werden ihr helfen. Und sie wird Kreidegeschosse auf Außerirdische schießen. Von ihnen verliert die Platte mit den Außerirdischen ihr Augenlicht und fällt zu Boden. Das Ziel in Bee vs Flying Saucers besteht darin, die Biene so weit wie möglich zu führen und so viele Blumen wie möglich zu sammeln.
