Ein bestimmtes Programm in der Person einer sehr realen Kreatur, die äußerlich einer Person ähnelt, möchte die digitale Matrix verlassen, und der Grund dafür ist, dass sie in Matrix Escape zerstört wird. Der Held möchte die sogenannte Hintertür finden und muss sich dazu sehr schnell bewegen. Die Matrix ist entschlossen; sie wird versuchen, alle Pfade abzuschneiden. Alles, worauf Sie sich verlassen können, verschwindet im Handumdrehen, sodass Sie nicht einmal für den Bruchteil einer Sekunde verweilen können, sondern sich ständig vorwärts bewegen und von einem Block zum anderen springen können. In Matrix Escape sind Geschicklichkeit, Beweglichkeit und schnelle Reaktion gefragt.
