In der Geschichte von Secret Lagoon begegnen Sie Paul. Er ist ein Segler der dritten Generation und fährt oft mit seinem kleinen Boot unter Segeln. Der Held liebt es, neue Orte zu erkunden und lange Reisen zu unternehmen. Dieses Mal hatte er fabelhaftes Glück und fand eine Lagune, die auf keiner Karte eingezeichnet ist. Es schien seltsam, weil es praktisch keine weißen Flecken gab, die ganze Insel markiert und untersucht wurde und sie aus irgendeinem Grund diese Lagune verpassten. Der Kapitän wird vor Anker gehen und den Ort im Detail untersuchen. Er will anhand der gefundenen Gegenstände herausfinden, wer vor ihm hier war und warum es jetzt verlassen ist.